تلگرام قابلیتی به نام حذف خودکار پیام‌ها یا Auto-Delete Messages دارد که با فعال کردن آن می‌توانید تعیین کنید پیام‌های جدید یک گفتگو پس از مدت مشخصی به‌صورت خودکار پاک شوند. این قابلیت برای افرادی مفید است که نمی‌خواهند تاریخچه چت‌هایشان برای مدت طولانی باقی بماند و ترجیح می‌دهند مدیریت پیام‌ها بدون حذف دستی انجام شود.

در تلگرام می‌توان حذف خودکار پیام‌ها را برای چت‌های جدید به‌صورت پیش‌فرض فعال کرد یا زمان حذف را برای هر گفتگو جداگانه تغییر داد. این ویژگی در اندروید، آیفون و نسخه دسکتاپ در دسترس است؛ البته محل بعضی گزینه‌ها ممکن است با توجه به نسخه برنامه متفاوت باشد.